Tobias Werner stand in 208 Spielen für den FC Augsburg auf dem Platz. Vom Absteiger Carl-Zeiss Jena kam Werner 2010 zum FC Augsburg, schaffte mit dem Club den Aufstieg in die Bundesliga und war fester Bestandteil der Erfolgsgeschichte bis hin zum Einzug in die Euro-League. Beim Abschiedsspiel von Daniel Baier hat ihn Tom Scharnagl noch während der Partie an der Seitenlinie getroffen.